细小病毒寄生在幼犬（也感染成年犬）的胃肠道黏膜层中，分裂繁殖使胃肠黏膜破损，引起以小肠黏膜出血感染的肠炎。
剖检病变是十二指肠和空肠充血、水肿，浆膜出血,肠腔内还有红色的水样物，回肠也有类似的变化。淋巴结和胸腺充血、出血。组织学检查时可见小肠黏膜上皮坏死和脱落，绒毛萎缩，隐窝萎陷或扩张,或数减少。
