打捞菌核，减少菌源。要每季大面积打捞并带出田外深埋；选用良种；合理密植；井冈霉素与枯草芽孢杆菌或蜡质芽孢杆菌的复配剂如纹曲宁等药剂，持效期比井冈霉素长，可以选用。丙环唑、烯唑醇、己唑醇等部分唑类杀菌剂对纹枯病防治效果好，持效期较长。
水稻纹枯病可以使用爱苗进行防控。
可以用己唑醇，丙环唑等药剂进行防治。
