木耳的生长期比较短基本没有虫害。
常见的黑木耳害虫有鱼儿虫、壳子虫、米象、蛞蝓、小马陆、弹尾虫、蓑衣虫；危害黑木耳的常见杂菌有碳困、革耳、云芝、木霉、青霉、裂褶菌、朱红菌等。
木耳在种植期间，最常见的是多菌蚊，一种以木耳为食的小虫子和黑腹果蝇等。
