一、农业防治：应在秋末、早春将稻田附近的杂草铲除，减少越冬虫源；加强田间管理，采取浅水灌溉，避免深水飘苗、淹苗，可减少潜叶蝇落卵量；发生严重地块可排水晒田。二、注意水稻潜叶蝇自然天敌种群的保护和利用。水稻潜叶蝇的天敌资源丰富，具有利用价值的就达10多种，在施药防治时尽可能地避免施用广谱性的化学农药。三、农药防治，可用六月虹，进行均匀喷雾使用。
噻虫嗪、吡虫啉、阿维菌素及其复配制剂等药剂叶面喷雾防治。
