病原以菌丝体在种子内部和表面越冬或以分生孢子在种子表面越冬。带菌种子是主要初侵染源。种子萌发后，病原从芽鞘、根和根冠侵人，引起秧苗发病。病株产生的分生孢子可从伤口侵人感染健苗引起再侵染而使大田发病。
病原以菌丝体在种子内部和表面越冬或以分生孢子在种子表面越冬。
水稻恶苗病病原以菌丝体在种子表面或内部越冬。
