玉米干腐病的防治方法有建立无病种子田、选留无病穗或无病田块留种、病田实行轮作等；抽穗期发病初期还可采用药剂防治，重点喷果穗和下部茎叶，隔7-10天喷一次，防治1-2次。
以农业防治为主，综合防治病虫害。
