病菌以菌丝或菌核随病残体在土壤中越冬，成为翌年初侵染源。
1、芝麻立枯病的病原菌以菌丝体和菌核在土壤和病残体内越冬。2、芝麻立枯病的病菌在第二年地温高于10℃开始萌发，进入腐生阶段。遇适宜的环境条件，病菌从气孔、伤口或表皮直接侵入，引起发病。后病部长出菌丝继续向四周扩展。此外该病还可通过风雨、灌溉水、肥料或种子传播蔓延。
