病菌以菌丝体在寄主体内、种苗上或随病残体在土中越冬，也可以继续为害贮存的葱。在条件适宜时产生分生孢子，借气流、雨水传播。从寄主的伤口、气孔或表皮侵染所致。温暖、潮湿利于发病，管理粗放、排水不良、阴雨连绵、密度过大、长势衰弱等发病较重。
一般在大葱密度大、长势弱易发生紫斑病。
