茎基部呈暗绿色水浸状软腐或猝倒，即苗期猝倒病；有的茎基部呈黑褐色，幼苗枯萎而死。
辣椒苗期、成株期均可发生疫病。苗期染病，幼苗茎部呈水渍状软腐，致使上部猝倒，病斑多呈暗绿色，后形成梭形大斑，湿度大时，病部可长出白色稀疏霉层。成株期发病，以根、茎受害较多。根部受害呈褐色长形斑，病斑长3～5厘米可围茎。病健交界明显，病斑凹陷或稍缢缩，后引起整株枯萎死亡。
