病菌除以菌丝体和分生孢子在病残体上及病组织外越冬外，西瓜种子内、外均可带菌。种表的分生孢子可存活15个月以上，种内的菌丝体经21个月仍具生命力，种子带菌率与种瓜染病程度有关，无病症的瓜种不带菌；病菌在室内干燥保存的病叶上可存活24个月，在大田或旱地土表、潮湿土壤内的病残体上可存活12个月以上。因此，带菌的种子和土表的病残体是该病主要初侵染源。
甜瓜叶枯病主要是通过种子及病原体带菌传播的。
