病菌随病株残余组织遗留在田间越冬。病菌在病残体内可以存活6年之久；在环境条件适宜时，病菌主要借雨水反溅，也可通过昆虫、农事操作等传播，从根或茎部的伤口侵入，经潜育后在植株内繁殖，并向上部蔓延扩展，破坏细胞组织，进行侵染蔓延。
辣椒青枯病菌是通过风和雨水进行传播的。
土壤残留病菌，种子带菌，来年温度，湿度适宜，发病。
病菌主要随病残体在土中越冬。翌年春越冬病菌借助雨水、灌溉水传播，从伤口侵入。
